La gouvernance du GIE Élevage Occitanie résulte d’un fonctionnement collectif et d'une entente entre les membres fondateurs du GIE Élevage Occitanie (Interprofessions, La Coopération Agricole et les Chambres d’Agriculture d’Occitanie). Les décisions sont prises par deux instances :
- le Bureau (Jean-Philippe VIGUIE, Nicolas MOUYSSET, Olivier BOULAT et Romain LE BIHAN)
- le Conseil d’Administration
Le président du GIE Élevage, Jean-Philippe VIGUIE, est également président du COREL (Comité d'Orientation Régional de l'Élevage).
Les sections animales du GIE Élevage Occitanie permettent la représentation des filières animales suivantes : bovin lait, bovin viande, ovin lait, ovin viande, caprin, équin, porc, volailles et palmipèdes. Les sections sont composées d'élus des Chambres départementales d’agriculture, d'organisations de producteurs, de syndicats et d'organismes techniques ou de conseil. Chaque section est représentée au Conseil d’administration du GIE Élevage par son président. Le président de section est un acteur clé du lien entre le terrain et les instances de gouvernance.
Le GIE Élevage Occitanie rassemble 54 adhérents, qui sont des structures économiques, techniques et de développement agricole de la région : coopératives agricoles, interprofessions, organisations de producteurs, laiteries, syndicats, structures de développement et de conseil, chambres d'agriculture départementales et régionale.